医院学科设置齐全,有医疗医技科室58个,其中医疗47个,医技科室11个,共有国家临床重点专科14个、国家临床重点专科建设项目2个、国家重大疾病多学科合作诊疗能力建设项目4个、国家中医药管理局重点培育专科1个;有省级临床重点专科建设项目4个、省级医学重点学科5个、省级优势学科7个、省级重点中医专科1个、陕西省医疗质量控制中心16个,国家药物临床试验机构专业46个。其中神经疾病、心血管疾病、传染病、妇产、癌症、精神6个专业在委省共建合作协议中被确定为国家区域医疗中心牵头建设单位,外科学(泌尿外)为教育部国家重点学科,皮肤与性病学为教育部国家重点培育学科。